Im Herbst 2009 trafen sich eine Gruppe von geistlichen Leitern aus verschiedenen Kirchen/Gemeinden und geistlichen Werken zum gemeinsamen Gebet. Ihr Wunsch war es, über Kirchengrenzen hinweg Gemeinschaft zu erleben, gemeinsam zu beten und Wege zu finden, gemeinsam als Christen den Menschen in Paderborn zu dienen. Es entstand der Wunsch nach einer klaren Form. Als theologisches Bekenntnis, mit dem alle übereinstimmen konnten, wählte man das die Glaubensbasis der Evangelischen Allianz, einer weltweiten Einigungsbewegung unter Christen, und schloss sich als Ortgruppe der Deutschen Evangelischen Allianz an. Diese Gruppe ist weder ein Verein von Kirchen noch eine Gruppe von geistlichen Leitern. Sie will Christen aus verschiedenen Gemeinden/Kirchen in die Gemeinschaft miteinander führen.

Wir haben folgende Ziele der Evangelischen Allianz Paderborn formuliert:

• Wir wollen als Leiter vertrauensvolle Beziehungen aufbauen, füreinander beten, einander ermutigen und Konflikte lösen.
• Wir wollen uns als Gemeinden vernetzen, einander dienen und gemeinsam und füreinander beten.
• Wir wollen als Christen den Menschen in Paderborn in Wort, Tat und Gebet dienen

Wir versuchen gemäß dem Leitfaden für die Arbeit vor Ort der Deutschen Evangelischen Allianz zu arbeiten.
Neben den regelmäßigen Treffen der Leiter, hat die Evangelische Allianz Paderborn auch schon die Allianz-Gebetswoche in Paderborn durchgeführt (seit 2011) und den ersten gemeinsamen Gottesdienst im Januar 2012.